La vaccination sera réalisée par le vétérinaire sanitaire de l'exploitation. Les doses de vaccins seront mises à disposition gratuitement, dans la limite d’un quota attribué par les directions départementales des services vétérinaires. Les vétérinaires pourront, au fur et à mesure de leurs besoins, commander les doses nécessaires auprès de leurs centrales de distribution. Ils devront assurer les différents enregistrements permettant d'attester de la réalisation de la vaccination. Cette campagne sera gratuite pour tous les éleveurs. L'État prendra en charge la réalisation de la vaccination, en sus de la gratuité des vaccins, jusqu'au 31 mars 2010, à hauteur de 98 millions d’euros. La prise en charge de l'Etat sera versée directement au vétérinaire sanitaire par les DDSV. Elle comprend un tarif forfaitaire par nombre d'animaux vaccinés, et la rémunération des tâches administratives liées à la vaccination. Les montants de cette prise en charge s'élèvent à 1,75€ HT par bovin vacciné en rappel et 0,60€ HT par petit ruminant vacciné en rappel. Ces montants sont doublés pour les animaux qui font l’objet d’une primovaccination. Pour la première fois, les autres opérations administratives afférentes à cette vaccination font également l’objet d’une prise en charge forfaitaire dont le tarif a été fixé à 0,20€ HT par bovin et 0,10€ HT par petit ruminant. Les frais engagés par les vétérinaires pour l’acheminement et la logistique d’achat des doses de vaccins leur seront également remboursés à hauteur de 4 centimes par doses.

 Pour les éleveurs qui s’opposent à la vaccination, un protocole dérogatoire permettant d’apporter des garanties sanitaires minimales pourra être envisagé. Dans ce cas, la demande devra être adressée et acceptée par la direction départementale des services vétérinaires. Ce protocole nécessitera la réalisation d’analyses virologiques sur un échantillon représentatif du troupeau et sera accompagné d’obligations de suivi sanitaire et de conditions de restrictions de mouvements. L’intégralité des frais engagés sera à la charge de l’éleveur qui fera cette demande.